Samtidigt som de stora makterna i Europa utvidgar deras koloniala riken mer och mer, kommer de slutligen att göra anspråk på platsen där andarna fortfarande har kraft – och när de gör detta, kommer själva landet slå tillbaka tillsammans med öborna som bor där.
Spirit Island är en komplex och kooperativt temaspel om att försvara ditt ö-hem från invaderande kolonisatörer. Spelarna är olika andar från naturen med dess egna unika elementkraft. Varje runda, väljer spelarna simultant vilka av deras power cards som ska spelas, betalandes energi för att utföra detta. Snabbare krafter sker omedelbart, innan de invaderande sprider sig och plundrar, medan andra magier är långsammare, kräver förutseende och planering för att användas effektivt. I Spirit phase, samlar andarna energi och väljer hur eller om de ska växa, att återvinna använda power-kort, att söka ny kraft eller att sprida närvaro in till nya områden på ön.
Invaders expanderar över öns karta i ett delvis förutsägbart manér. Varje runda de utforskar i områden (delar av ön), nästa runda som de bygger på dessa områden, resandes bosättningar och städer. Rundan efter detta, härjar dem där, fördärvar och attackerar alla inhemska ö-bor närvarande.
Islanders slår tillbaka mot Invaders när de attackeras och hjälper vissa andar men gör dock inte alltid på det sättet som du hoppas. Vissa Powers går igenom Islanders och hjälper dem att driva bort Invaders och rensa landet från fördärvet.
Spelet eskalerar med dess utveckling, andar sprider sin närvaro till nya delar av ön och söker fram nya och mer potenta krafter, medan Invaders ökar sina koloniseringsansträngningar. Varje runda motsvarar 1-3 år av alternativ historia.
I spelets start, kräver vinst att varje bosättning och stad på brädet förstörs, men samtidigt som du skrämmer Invaders mer och mer, blir vinst enklare. De springer iväg även om ett antal av bosättningar och städer är kvar. Förlust sker om någon ande förstörs, om ön övertas av fördärvet, eller om Invader-kortleken är slut innan vinst sker.
Spelet inkluderar olika motståndare att kämpa mot (t.ex. en svensk gruvkoloni eller en avlägsen brittisk koloni. Varje ändring spelar ut på olika sätt och erbjuder olika vägar av ökande svårighetsgrad då du ökar i färdighetsnivå.